种业服务-康普森生物

动植物染色体基因组de novo组装

简要概述

动仿真植物dna组de novo折装（De novo assembly）不依赖关系借鉴dna组的现象下对某种类确定dna组测序及接拼折装，为了制作该种类的全dna组队列图谱，并确定dna组型式注音、功用注音、会比较dna组学了解等一全方位的前因后果了解。dna组de novo折装不只是需要可以获得该种类的全dna组队列图谱，并且也为前因后果种类渊源进化游戏及某生态环境转变性的的研究打下了的基础。

应用场景

01. 挖掘物种基因组信息

获得该物种核DNA序列，挖掘隐藏于DNA序列中的基因信息；

02. 完善的参考基因组

校正之前基因组组装的错误，发现新的基因序列，鉴定新基因；

03. 解析物种起源进化

通过挖掘不同进化水平的物种的遗传变异探究物种的起源与进化历程；

04. 分子育种

解析种质资源的遗传多样性和遗传价值，为分子育种和遗传改良提供更优方案。

技术优势

解决复杂
基因组
组装难题
能管用补救高 GC 含铁、高从复字段的错综复杂表观遗传组。
提高组装
准确性与
完整性
融入不一样的测序技术性和简化的主装神经网络算法，发展人类基因组图谱的的质量。
助力物种
进化研究
可深入钻研了解鱼类的发源、演变史上和亲缘相关，为进化升级生物技术学钻研出示关键所在数据显示。
挖掘功能
基因资源
促进出现与首要动物学遗传性状有关的实用技能人类基因组，为人类基因组实用技能探究提高靶点。

技术流程

优秀案例

该研究报道了1个牛基因组的新组装，并提供了对免疫基因组位点的详细注释。新组装的基因组包含143条序列，与ARS-UCD1.2参考基因组相比，填补了156个gap，467个scaffold区段定位到基因组中。此外，包括3个免疫球蛋白（IG）位点、四个T细胞受体（TR）位点和主要组织相容性复合体（MHC）位点在内的免疫基因组区域得到无缝组装和精确注释，并对牛免疫基因多样性进行了详细描绘。此外，MHC基因结构随分相单倍体基因组得以完整揭示。综上所述，该工作描述了一个更完整的牛基因组，并提供了其复杂的免疫基因组的全面视图。

图1 牛遗传基因组从脚拆卸的全景况

图2 牛免疫检测球蛋清位点

参考文献
Li TT, Xia T, Wu JQ, et al. De novo genome assembly depicts the immune genomic characteristics of cattle. Nat Commun. 2023;14(1):6601. Published 2023 Oct 19. doi:10.1038/s41467-023-42161-1

服务流程

T2T 基因组组装

简要概述

T2T复染体组是说有个条或多行复染体安装做到了端粒到端粒（Telomere-to-Telomere）的水平的复染体组。T2T复染体组能克服了着丝粒、高再次城市性的安装比较困难的问题，补平了复染体组“超级黑洞”城市性，强势加强了复染体的维持性和删改性，不利于对复染体组中高再次字段设备构造和功效实行进入实验。

应用场景

01. 完善参考基因组

填补原有参考基因组的gap区间，校正之前基因组组装的错误；

02. 探索未知序列

针对基因组“黑洞”区域序列进行解析，主要为着丝粒、端粒、串联重复等复杂区域；

03. 解析物种起源进化

通过挖掘不同进化水平的物种的遗传变异探究物种的起源与进化历程；

04. 分子育种

辅助解析种质资源的遗传多样性和遗传价值评估，为分子育种和遗传改良提供更优方案。

技术优势

高精度和高完整性
才可以作为从端粒到端粒的详尽遗传什么是基因组字段，致使T2T遗传什么是基因组拥有特别的优劣势。
单倍型解析
可区分开产于爸爸妈妈们本的遗传性信息内容，完成亚染色体组错误称衍变探究。
广泛的应用领域
T2T什么是基因组组高技术在功能表什么是基因组知道、QTL克隆和选育攻略等部分有广泛适用适用。

技术流程

优秀案例

该研究报告了完整、无间隙的端粒到端粒公羊基因组（T2T sheep1.0），基因组大小为2.85 Gb，包括所有常染色体、X和Y染色体，解析了着丝粒包含了四种类型的重复单元。研究者从18只全球代表性绵羊的PacBio长读数序列中鉴定出了192,265个SV。利用代表全球158个种群和7个野生物种的810只野生和家养绵羊的全基因组短读序列，以T2T-sheep1.0为参考基因组提高了基于约1.3331亿个SNP和1,265,266个SV（包括2,664,979个新SNP和 196,471个新SV）的种群遗传分析结果。T2T sheep1.0通过检测串联重复区域中的多个新基因和变异，包括与驯化（如 ABCC4）和羊毛细度性状选择（如 FOXQ1）相关的基因和变异，提升了选择性检测的能力。

图1 Ramb_v3.0和T2T-sheep1.0的染色体组较

图2 X、Y着色体了解

参考文献
Luo LY, Wu H, Zhao LM, et al. Telomere-to-telomere sheep genome assembly identifies variants associated with wool fineness. Nat Genet. 2025;57(1):218-230. doi:10.1038/s41588-024-02037-6

服务流程

泛基因组组装

简要概述

泛表观隔代遗传基因组就是一个动物群内大多数表观隔代遗传基因组讯息的加总，包含基本表观隔代遗传基因（Core gene）、非须要表观隔代遗传基因（Dispensable gene）和每个人特异形表观隔代遗传基因（Species-specific gene），它比分散化参考价值表观隔代遗传基因组内容涵盖了更多的的隔代遗传基因各样性讯息，更就可以代表性本动物群的隔代遗传基因特证。

应用场景

01. 作物遗传改良

挖掘与高产、优质、抗逆等优良性状相关的基因，为作物遗传改良提供基因资源。

02. 种质资源管理与利用

深入了解种质资源的遗传多样性和群体结构，有助于更好地保护和利用这些资源。

03. 品种选育与改良

对作物进行更精准的基因组选择育种，提高选择效率和准确性。

技术优势

全面描绘基因组的信息
泛染色体组并能聚合诸多每一个人的染色体组队列，并能更着力地抓取种群的隔代遗传各式各样性。
揭示物种内的遗传差异
主要观注可调显性基因基因和显性基因进化，这些食品或许造成个体户间的特性区别和顺应性转化。
提升结构变异挖掘准确性
泛表观遗传组在构造变种测量上具备着差异性优点，变成了泛表观遗传组实验的重要主要内容。

技术流程

优秀案例

该研究组装10个中国南方黄牛高质量染色体水平参考基因组，并构建了图泛基因组，利用这些组装的单倍型基因组，全面评估了中国黄牛的基因渗入景观，以揭示该牛种群所包含的独特遗传组成和多样性。此外，研究还生成了一个综合的非冗余SV集合，探讨了基因渐渗SVs演化命运。本研究为进一步认识SV渗入的适应潜力，特别是古代渗入对中国黄牛遗传多样性的贡献提供了新见解。

图1 黄牛党地区产品种类的布置及拼装什么是基因组着丝粒和端粒的完全性

图2 国内黄牛党染色体组沁入图谱

参考文献
Dai X, Bian P, Hu D, et al. A Chinese indicine pangenome reveals a wealth of novel structural variants introgressed from other Bos species. Genome Res. 2023;33(8):1284-1298. doi:10.1101/gr.277481.122

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